La idea de premiar la creación literaria, musical y plástica de los grandes artistas que han aportado al desarrollo del arte y la cultura en Chile, surgió en 1940 durante el gobierno del presidente Pedro Aguirre Cerda.

El proyecto para los Premios Nacionales fue preparado por los parlamentarios Exequiel González Madariaga, Astolfo Tapia, Eliodoro Domínguez, Armando Rodríguez y Julio Barrenechea. La resolución final con fuerza de ley 7368, fue firmada por el presidente Juan Antonio Ríos, el 9 de noviembre de 1942.

Se dispuso entonces que la distinción se otorgaría cada año al Premio Nacional de Literatura y cada tres años al Premio Nacional de Arte. Los artistas plásticos galardonados, chilenos o extranjeros residentes, serían elegidos por un jurado presidido por el rector de la Universidad de Chile, un representante designado por la facultad de Artes de la misma universidad, un representante del Ministerio de Educación Pública y dos representantes de las organizaciones gremiales de artistas.

La celebración del centenario de la Universidad de Chile en 1944, fue el marco para la entrega del primer Premio Nacional de Arte consistente en la suma de cien mil pesos de la época. Luego, ha sufrido una serie de modificaciones. Así por ejemplo, en 1964 se modificaron los reglamentos del premio y fue aumentado el monto de la pensión, gracias a la gestión de entidades gremiales. En 1972 se modificó el Decreto de Ley que regía el premio y desde ese año el jurado es presidido por el Ministro de Educación. De esa forma el Premio Nacional de Arte queda dividido en las categorías de Premio Nacional de Artes Plásticas, Premio Nacional de Artes Musicales, y Premio Nacional de Artes de la Representación y Audiovisuales. Se dispuso entonces que el Premio Nacional de Arte se entregaría todos los años impares junto a los premios de Periodismo, Ciencias Exactas, Ciencias de la Educación, Artes de la Representación, Humanidades y Ciencias Sociales. Por último, los artículos 17 a 26 de la ley 19169 del año 1992, estableció que la distinción contempla la entrega de un diploma, la suma reajustable de $6.562.457 pesos y una pensión vitalicia mensual equivalente a 20 unidades tributarias mensuales.