A diferencia de la junta de gobierno del 18 de septiembre de 1810 que proclamó su lealtad al rey y a la tradición hispana, en el primer Congreso Nacional, que se estableció el 4 de julio de 1811, se manifestaron fuerzas políticas más radicales y reformistas que estuvieron influidas por las ideas ilustradas, la Revolución Francesa y la independencia de los Estados Unidos. Así, el primer Congreso Nacional redactó un Reglamento Constitucional Provisorio que estableció el Senado en 1812, compuesto por siete personas con facultades que limitaron al poder ejecutivo.

Durante el período de la reconquista española no existió Senado ni Congreso en Chile. No obstante, una vez afianzada la independencia, adquirió relieve la discusión sobre la organización de la República, lo que impulsó el establecimiento de distintas Constituciones así como diversas transformaciones del Congreso.

En la década de 1820 el enfrentamiento político entre conservadores y liberales se resolvió finalmente en la Batalla de Lircay a favor de los conservadores. En este contexto, la promulgación de la Constitución de 1833 consagró un régimen autoritario en el cual el presidente de la República adquirió una mayor cuota de poder y decisión en desmedro del Congreso. El predominio conservador en la política nacional comenzó a decaer durante la segunda mitad del siglo XIX, en la medida que resurgieron los grupos liberales. Así, paulatinamente se produjo un debilitamiento de las facultades del poder ejecutivo. En este nuevo escenario político se realizaron una serie de reformas constitucionales que aumentaron las facultades del Congreso.

A fines del siglo XIX, se desarrolló una tensa disputa entre el ejecutivo y el Congreso Nacional. La lucha tuvo un dramático desenlace en la guerra civil de 1891 donde triunfaron las fuerzas partidarias de seguir fortaleciendo el papel del Congreso. A partir de entonces, el Congreso Nacional aumentó su predominio en el sistema político chileno, instaurándose un régimen parlamentario de gobierno. El presidente Arturo Alessandri Palma, elegido en 1920, intentó cambiar la política parlamentaria, especialmente para hacerse cargo de la llamada cuestión social, tratando de llevar a cabo un plan de reformas sociales y laborales, sin embargo el Senado se opuso y obstaculizó los proyectos de ley. Después de un período de turbulencias políticas, Alessandri consiguió la aprobación de la Constitución de 1925, que retomó nuevamente la tradición presidencialista al fortalecer las atribuciones del poder ejecutivo.

En las décadas siguientes, el poder ejecutivo y legislativo convivieron en forma continua y pacífica durante sucesivos gobiernos de distintas tendencias políticas. No obstante, en la década de 1960 se definieron proyectos de sociedad excluyentes que polarizaron el ambiente político nacional. Desde el Congreso Nacional se llevó a cabo una fuerte oposición política contra el poder ejecutivo que concluyó con el golpe de Estado de 1973 y la disolución del Congreso Nacional. En estas circunstancias, la labor legislativa fue asumida por la Junta Militar de Gobierno. En 1980 se aprobó una nueva constitución política que contempló la elección de un Congreso Nacional que estaría constituido por una Cámara de Diputados compuesta por 120 diputados y por un Senado mixto integrado por 38 senadores electos popularmente y nueve designados. Asimismo, los ex presidentes de la República que hubiesen ejercido su mandato por seis años pasarían a ser senadores vitalicios.

En el 2005 el Congreso Pleno aprobó 58 reformas constitucionales, cuyo objetivo fue dar un cierre definitivo al período llamado de "transición" luego de la dictadura militar. Entre las principales reformas se destacan la eliminación de los senadores designados y vitalicios, la reducción del período presidencial de 6 a 4 años sin reelección inmediata y el aumento de las facultades fiscalizadoras de la Cámara de Diputados, entre otras.