El Área de Patrimonio Natural del CMN vela por el adecuado resguardo de los sitios y bienes paleontológicos, que son Monumento Nacional por el solo ministerio de la Ley, y de las áreas declaradas Monumento Nacional bajo la categoría de Santuario de la Naturaleza (SN).
El área coordina y participa de la Comisión de Patrimonio Natural compuesta por los Consejeros señor Claudio Gómez, del Museo Nacional de Historia Natural; la Sra. Arlette Levy Arensburg, del Servicio Nacional de Turismo. Es asesorada por: Mario Elgueta, Biólogo, del Museo Nacional de Historia Natural y María Elena Alvarez del Ministerio de Medioambiente.
Las principales funciones son en torno a los Santuarios de la Naturaleza y el Patrimonio Paleontológico como:
Santuarios de la Naturaleza
- Registrar la información de los SN de Chile: datos de los propietarios, el objeto de protección, georreferenciación y datos ambientales suplementarios del área.
 - Analizar las solicitudes de autorización de intervenciones para iniciar trabajos de construcción, excavación, o para desarrollar actividades que pudieran alterar el estado natural de un SN.
 - Responder consultas de pertinencia de ingreso al SEIA y evaluar proyectos en el SEIA que incidan en SN.
 - Elaborar informes técnicos de nuevas declaratorias de SN, para el Ministerio de Medio Ambiente.
 - Elaborar proyectos propios o asesorar proyectos de terceros destinados a mejorar las condiciones de conservación de los SN.
 - Registrar las investigaciones científicas que se han desarrollado o que tengan relación con SN.
 - Elaborar, revisar y visar los Planes de Manejo de los SN.
 - Coordinar con el Ministerio de Medio Ambiente, acciones y actividades de preservación, conservación o compensación en las áreas declaradas SN.
 
Patrimonio paleontológico
- Ejercer la tuición, súper vigilancia y custodia de yacimientos y materiales paleontológicos.
 - Tramitar las solicitudes de permiso de prospección y excavación paleontológica con fines científicos.
 - Llevar el registro de los permisos otorgados y sus correspondientes áreas, de los informes de investigación, de salvataje, publicaciones científicas, informes de avance, entre otros.
 - Evaluar las solicitudes de permisos de excavación de yacimientos paleontológicos con fines no científicos (rescates).
 - Responder consultas de pertinencia de ingreso al SEIA y realizar evaluaciones de proyectos en este marco.
 - Destinar colecciones paleontológicas a instituciones.
 - Elaborar o financiar proyectos o normas de restauración, reparación, conservación y señalización de los Monumentos Nacionales.
 - Reglamentar el acceso a monumentos y aplicar o proponer al gobierno las medidas necesarias.
 - Fiscalización de proyectos sometidos al SEIA.
 - Colaborar con organismos fiscalizadores contra el tráfico ilícito.
 - Apoyo técnico en las investigaciones por daño a MH.
 





















