Durante el  2018 el Museo mantiene en desarrollo el proyecto de investigación FAIP SIP-N-67-INV “Reconstrucción del perfil bioantropológico y del contexto histórico de una momia parte de la colección del MHNC” (Eduardo Becker, investigador responsable y Marco Sánchez, coinvestigador ambos del MHNC; Eduardo Saldías, coinvestigador Universitat Autònoma de Barcelona y Albert Isidro, colaborador Hospital Universitari Sagrat Cor de Barcelona; Departamento de Anatomía Normal UDEC, colaboradores).
El proyecto tiene por finalidad conocer el perfil bioantropológico, las particularidades anatómicas y modo de vida, mediante técnicas morfoscopicas e imagenológicas, de un individuo momificado naturalmente, posiblemente un soldado chileno muerto en la Guerra del Pacifico.

En 2011 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (48) "Prácticas funerarias de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María, entre los siglos I y V dC. (Región del Bío-Bío)". (Mauricio Massone, investigador responsable, Marco Sánchez, coinvestigador). Mediante el proyecto se profundizó en el conocimiento de los sistemas funerarios desarrollados en la isla Santa María, durante diferentes momentos de las ocupaciones tempranas y también en el período tardío prehispánico.

En 2010 el Museo participó en el proyecto de investigación FAIP, DIBAM "Ocupaciones alfareras en las costas de Concepción y Arauco: la secuencia Pitrén-El Vergel en la Araucanía, problemas y perspectivas". (Marco Sánchez, coinvestigador). El proyecto hizo posible postular un "Complejo Temprano", para los primeros siglos de la era cristiana, que se diferenciaría del temprano Complejo Pitrén, lo que permite considerar una mayor diversidad cultural para la costa de la región del Bío-Bío, durante ese período.

En 2009 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (061) "Contextos funerarios de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María" (Mauricio Massone, investigador responsable). El proyecto permitió estudiar las prácticas funerarias de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María, región del Bío-Bío, que se remontan a fechas de 70 a 420 años dC., y corresponden a sociedades de cazadores recolectores en proceso de cambios en su sistema de vida.

En 2007 el Museo participó en el proyecto de investigación FAIP, DIBAM "La presencia de gallina (Gallus gallus) prehispánica en las costas de la península de Arauco: problemas y perspectivas". (Marco Sánchez, coinvestigador). Mediante el proyecto se comprobó la presencia de gallinas identificadas tanto morfológica como genéticamente, en las costas de la provincia de Arauco, entre 1.300 y 1.450 años dC., en un contexto de la cultura El Vergel.

En 2007 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (42) "La sociedad El Vergel y el manejo de los recursos vegetales en la isla Santa María, entre los siglos X y XVI DC." (Mauricio Massone, investigador responsable). Los estudios de carpología realizados en el proyecto, permitieron descubrir el manejo de la quínoa, entre 1.030 y 1.460 dC., por parte de los grupos alfareros El Vergel que ocupaban la isla Santa María, en la región del Bío-Bío. Se pudo determinar además que utilizaban diferentes plantas silvestres de la isla para distintos fines.

Entre 2006 y 2010, el Museo participó en el proyecto de investigación FONDECYT 1060020. "Arqueología de cazadores-recolectores de Tierra del Fuego: el proceso de colonización y el factor de aislamiento geográfico, durante el Holoceno temprano y medio". (Mauricio Massone, coinvestigador). Mediante el proyecto se evaluó el tema de las barreras biogeográficas, en particular el estrecho de Magallanes, y la evolución cultural en Tierra del Fuego, desde que ésta se convirtió en isla hace unos 8.000 años AP. (Convenio FONDECYT, UMAG, DIBAM).

Entre 2002 y 2006, el Museo participó en el proyecto de investigación FONDECYT Nº 1020272 "Estrategias adaptativas entre los grupos El Vergel en las costas septentrionales de la Araucanía" (Coinvestigadores: Marco Sánchez y Mauricio Massone). El proyecto permitió obtener interesantes resultados en la configuración de un marco cronológico para las ocupaciones de la cultura El Vergel en distintos ámbitos costeros a escala regional, así como caracterizar los patrones de asentamiento, los patrones de susbsistencia y estrategias adaptativas en tiempos prehispánicos y de contacto.

Entre 2002 y 2005, el Museo dirigió el proyecto de investigación FONDECYT Nº 1020004 "Las ballenas en el mundo selk'nam: un enfoque desde la arqueología y otras disciplinas, en el norte de Tierra del Fuego". (Mauricio Massone, investigador responsable). A través del proyecto se estudió la relación entre los grupos cazadores recolectores selk'nam de Tierra del Fuego con diferentes especies de cetáceos, y su importancia tanto en el ámbito de la economía y organización social, como en el mundo ideológico (Convenio FONDECYT, DIBAM, UMAG).

Con la finalidad de mejorar las actividades orientadas a la conservación, investigación y difusión del patrimonio cultural material e inmaterial de Chile y en específico de la región del Bío-Bío, el MHNC se suma el año 2008 al Programa de Mejoramiento de la Gestión Pública, PMG de Equidad de Género.

Luego de algunos años de ejecución, se inician los  proyectos de investigación con perspectiva de género, con la finalidad de ampliar los registros documentales y testimoniales, que permitan relevar el papel de las mujeres en la vida social y política de nuestra región, así como visibilizar la dimensión de género presente en los procesos de construcción social e histórica. Hoy se concibe como un programa que pretende profundizar su labor desplegándose en el territorio definido inicialmente zonas de interés geográfico (costa, llano central y cordillera), pero atendiendo además a las necesidades urgentes de rescate testimonial cuando sea necesario. 

El producto asociado a esta iniciativa es la constitución de un Archivo de Memorias, como nuevo recurso disponible para la construcción de la narrativa historiográfica del siglo XX, incorporando la perspectiva de género.  Además  se  constituye en información relevante que puede ser utilizada en la construcción de guiones y contenidos para las exhibiciones permanentes y temporales,  como también para la elaboración de material educativo y/o guías especializadas.   

Todas las investigaciones individualizadas a continuación fueron desarrolladas gracias a Fondos Patrimoniales canalizados a través de la Unidad de Equidad de Género del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural. Las investigaciones entre 2013 y 2016 se realizaron con la colaboración del Programa de Estudios Multidisciplinarios de Género de la Universidad de Concepción, Promeg-UdeC.

El año 2013, se inician las investigaciones en Lota, con el proyecto “Aporte de las mujeres al desarrollo de la actividad minera y a la construcción de las identidades culturales de lota durante el periodo de explotación carbonífera”. Como se indica, esta iniciativa tenía por objetivo recuperar, valorizar y visibilizar  a las mujeres en sus roles tanto públicos y privados, en función de su aporte a la configuración de las identidades de género en el ámbito regional y nacional, durante el desarrollo de la sociedad industrial moderna en nuestro país y en específico en la zona  denominadas “cuenca del carbón”. 

El año 2014 implicó una ampliación del territorio, con los mismos objetivos pero incluyendo las comunas de Coronel y Curanilahue. 

El proyecto 2015 mantuvo la mirada en el borde costero,  realizando el proyecto “Las Mujeres y La Mar: Identidades vinculadas a actividades productivas en el borde costero de las caletas  Coliumo y  Cocholgüe”,  incluyendo en esta  oportunidad  propuestas  participativas, como la realización de un taller de  fotografía , en que algunas mujeres, asociadas a los sindicatos de algueras,  retrataron  su entorno; estas  imágenes fueron exhibidas temporalmente en el  auditorio del Museo de Historia Natural de Concepción y Hall de la Biblioteca Central de la Universidad de Concepción. 

Para el año 2016, la “Investigación sobre las Identidades de Género en la comuna de Cobquecura” contempló terrenos en  un territorio con una marcada tradición histórica y patrimonial cercana al mar, que en 2005 recibió la declaratoria de Zona Típica “Casco Histórico del Pueblo de Cobquecura”. En esta oportunidad las entrevistadas fueron mujeres de distintos ámbitos de la vida cultural de esta comunidad, cantoras, artesanas, huerteras, reconocidas por su labor y constancia en las áreas que se destacan.

El proyecto “Sociedad de Ilustración de la Mujer de Concepción: rescate documental y visual para la memoria local” fue realizado durante el año 2017, buscando principalmente rescatar el acervo bibliográfico- documental y visual de una de las sociedades mutualistas más significativas de la historia de Concepción: la Sociedad de Ilustración de Mujer (S.I.M). Creada el año 1889, la organización -que ha pasado por profundas transformaciones- tiene el mérito de ser una de las mutuales más antiguas y vigentes de Concepción. Pese a lo anterior, dentro de la historiografía regional, no existen artículos, publicaciones o archivos de colecciones que se refieran en forma sistemática a la creación, rol y aportes de esta sociedad mutual a nivel regional.