La Secretaría Técnica se encargada de ejecutar los acuerdos del Consejo, a través del trabajo de las áreas técnicas, de extender las actas del CMN, desempeñar las comisiones que el CMN le confíe y actuar como ministro de fe.
Internamente, el Consejo funciona organizado en Comisiones Técnicas, las que cubren los diferentes ámbitos del patrimonio por el que debe velar. Las comisiones están integradas por consejeros, asesores y profesionales de la Secretaría del CMN. Las comisiones se reúnen con una periodicidad regular para el análisis de los casos correspondientes.
Las áreas transversales de la entidad son aquellas que cubren los aspectos generales necesarios para el buen desempeño del CMN, y las que se relacionan con todas y cada una de las comisiones técnicas, por la naturaleza de su función.
