Una vez finalizada la Guerra del Pacífico comenzó un proceso de autocrítica dentro del Ejército chileno, especialmente relacionado con la indisciplina de la tropa, la falta de profesionalismo de los oficiales y la improvisación general con que se había abordado el conflicto. Esta autocrítica y el deseo de modernizar y profesionalizar el Ejército fue apoyada por el Presidente Domingo Santa María. Se optó entonces por el modelo militar prusiano, vencedor de la tradición napoleónica francesa en la guerra franco-prusiana de 1870, y que se había convertido en el nuevo paradigma de los ejércitos occidentales. La reforma comenzó en 1885 con la contratación del oficial prusiano Emilio Körner, quien llevaría a cabo el proceso, y contempló el traslado de oficiales chilenos a Europa a estudiar el modelo del ejército prusiano, la incorporación de oficiales alemanes a distintas unidades del ejército para mejorar la instrucción y como profesores de la Escuela Militar. Igualmente, se crearon instituciones de instrucción militar como la Escuela de Suboficiales y la Academia de Guerra, todo lo cual comenzó a señalar la formación de un nuevo ejército nacional al finalizar el siglo XIX.

Sin embargo, también aparecieron sus detractores. Los partidarios de mantener el modelo francés, especialmente oficiales de alto rango que se habían especializado en Francia, criticaban las enseñanzas de Körner en la Escuela Militar y la recién formada Academia de Guerra. Esta pugna sería definida en la Guerra Civil de 1891, cuando la oficialidad de mentalidad francesa asumió el liderazgo del ejército de línea que respaldó al Presidente Balmaceda, mientras la línea prusiana, liderada por Emilio Körner y Estanislao del Canto, se sumó al bando parlamentario asumiendo la formación del ejército congresista. El triunfo de este último en las batallas de Concón y Placilla, definió el nuevo rumbo del Ejército nacional.

La "prusianización" constituyó una verdadera refundación del Ejército liderada por Körner, elevado a General de la república y Jefe del Estado Mayor. La profesionalización implicó reorganizar a la institución por más de dos décadas y significó una modernización del Ejército, que tuvo como sello la profesionalización del alto mando militar, la introducción del servicio militar obligatorio y una completa reestructuración orgánica, que dio paso a un nuevo Ejército, auténticamente profesional.

La consolidación de las reformas permitió una renovación de los altos mandos militares, que tradicionalmente habían salido de los altos sectores sociales, para dar paso a oficiales provenientes de los sectores medios. Serían precisamente estos oficiales los que llevarían al Ejército a tomar un rol activo en la crisis política de los años veinte, bajo el liderazgo del Coronel Carlos Ibáñez del Campo, quien asumió la presidencia de la república entre 1927 y 1931.

El desarrollo de la Segunda Guerra Mundial señalaría el comienzo de un nuevo proceso de modernización para el Ejército, esta vez marcado por la influencia de los Estados Unidos que se fue manifestando en forma progresiva y sostenida entre 1940 y 1974. Éste abarcó los estudios de especialización de oficiales chilenos en academias militares de los Estados Unidos, la transferencia de material de guerra y equipo militar, y la presencia de instructores militares estadounidenses en Chile, todo lo cual llevó al Ejército a una reorganización de su estructura para adaptarse a las nuevas exigencias que planteaba la guerra moderna.