La colonización del Estrecho de Magallanes y las tierras circundantes, fue una preocupación central desde los albores de la República y particularmente de Bernardo O'Higgins. En efecto, desde su exilio en la hacienda Montalván, situada en el camino que conduce de Lima a Arequipa, O'Higgins sostuvo un interesante intercambio epistolar con las autoridades chilenas. El 4 de agosto de 1842, escribió a Ramón Luis Irarrázaval, ministro del Interior y Relaciones Exteriores del presidente Manuel Bulnes, proponiéndole el plan que venía estudiando desde hacía tiempo. Éste incluía no sólo el asentamiento en el territorio magallánico de población chilota, sino además el establecimiento de un servicio de vapores.

En abril de 1842, Domingo Espiñeira fue designado intendente de Chiloé con la misión precisa de estudiar la región magallánica y la mejor forma de ocupar su territorio. El joven comisionado dispuso de inmediato la construcción de una embarcación, bautizada como la goleta Ancud. En mayo de 1843, la goleta comenzó su travesía rumbo al Canal de Chacao. Al mando de la tripulación, asumió el capitán de fragata Juan Williams. Formaban también parte de la expedición el marinero norteamericano Jorge Mabon, el explorador y naturalista prusiano Bernardo Eunom Philippi, algunos marineros, y dos mujeres esposas de soldados para asegurar la colonización emprendida. El 21 de septiembre, la Ancud fondeaba en Puerto Hambre, ubicado en las riberas del estrecho de Magallanes.

Williams congregó en tierra a los expedicionarios, inició el reconocimiento que se extendió por quince días, al cabo de los cuales fundó Fuerte Bulnes en el antiguo y abandonado asentamiento de Puerto Hambre.

El invierno siguiente fue particularmente crudo y la naturaleza hostil de la región demostró el error del emplazamiento de la nueva población. Hacia 1849 la colonia concluía su traslado a los márgenes del río Carbón, en el lugar conocido como Punta de Arena.

A partir de entonces, el Fuerte Bulnes entró en una progresiva decadencia y en el año 1852, el teniente Miguel José Cambiazo incendió las ruinas de lo que alguna vez fue la primera fundación en el territorio de Magallanes. Sin embargo, en 1930, el mayor Ramón Cañas Montalva concibió la idea de reconstruir el fuerte original. A finales de 1941, se acordó llevar a cabo el proyecto de reconstrucción, el cual fue terminado en 1943 e inaugurado en febrero del año siguiente por el presidente Juan Antonio Ríos.