Luego de la Independencia de Chile (1818), la zona sur se encontraba en una situación muy distinta a la del territorio de la zona central. Los bandoleros y montoneros, grupos de soldados prófugos, asolaban las haciendas mostrando la debilidad de las autoridades de la zona. Sumado a esto, los dirigentes de la ciudad de Concepción se rebelaron en contra de las autoridades centrales en 1851 y 1859. Los distintos grupos mapuche; costinos, pehuenches, abajinos y arribanos, se vieron forzados a tomar posición frente a estos cambios para mantener sus intereses, tal como lo hicieron durante la Colonia. Por ello, no es de extrañar que apoyaran las revoluciones de 1851 y 1859 en beneficio propio. Otro fenómeno presente fue la colonización de tierras agrícolas en la Araucanía, debido al auge cerealero iniciado por la fiebre de oro en California en 1848. Este proceso se caracterizó por el gran número de estafas a tribus mapuche y por diversos conflictos de convivencia entre éstos y los colonos.

El Gobierno central consideró como prioridad la ocupación y asentamiento de la zona de la Araucanía, pasando a ser un tema de debate en el país. En 1861, Cornelio Saavedra propuso un plan de "pacificación" que consistió en construir una línea de fortificación por el río Malleco modificando la frontera que tradicionalmente llegaba hasta el Bio-Bio. Dicho proyecto no estuvo exento de conflictos, incluso al interior de las mismas autoridades chilenas; sin embargo, para la mayoría, el progreso del país -entendido como colonización y desarrollo industrial-, necesariamente pasaba por el sometimiento de las distintas tribus mapuche. La aparición del francés Orellie Antoine en 1861, quien se proclamó "Rey de la Araucanía", dio nuevos argumentos para la ocupación; hizo temer una eventual alianza de Francia con las tribus mapuche.

Cornelio Saavedra inició la campaña de 1862 fortificando Mulchén, Negrete, Angol y Lebu. Los grupos indígenas rápidamente se dieron cuenta de las consecuencias de la penetración chilena. Mientras las tribus arribanas y abajinas se decidieron por la resistencia, los pehuenches y costinos formaron alianzas con las autoridades chilenas.

Se inició entonces, entre 1867 y 1869, la segunda campaña de Saavedra donde las tropas chilenas se enfrentaron en una violenta guerra con las tribus arribanas bajo el mando del cacique Quilapán. Las prácticas de destrucción de siembras y de aldeas fueron una política declarada del comandante José Manuel Pinto. Tras los primeros acuerdos de paz, en 1870, Saavedra quiso continuar con la siguiente etapa de expansión buscando unir Toltén con Villarrica y así rodear los territorios mapuche. El fracaso en esta etapa del plan, obligó a las autoridades a reconsiderar la estrategia, por lo tanto se optó por consolidar la ocupación de los territorios hasta el río Malleco. Esta decisión fue clave para las campañas posteriores del Ejército de la Frontera, pues permitió una mejor preparación logística gracias al uso del telégrafo y del ferrocarril. De esta manera, tras diez años de tregua, se iniciaron las últimas campañas de ocupación bajo el mando de Gregorio Urrutia y el Ministro Manuel Recabarren, buscando consolidar la línea del río Cautín. A pesar del alzamiento general de los mapuche en 1881, el ejército chileno finalizó su campaña simbolizada en la ocupación y reconstrucción de Villarrica en 1883.