Ignacio Domeyko nació el 31 de julio de 1802 en Niedzviadk, en la provincia polaca de Lituania, esta última pasó a ser un país independiente en el año 1990.

Domeyko ingresó a la Universidad de Vilna en 1817, en la que recibió el grado de licenciado en Ciencias Físicas y Matemáticas. Durante su juventud participó en grupos nacionalistas polacos que lo llevaron a ser encarcelado en 1821 y asilado por Francia en 1832. En su estada en Francia completó estudios en la Escuela de Minas donde obtuvo el título de ingeniero.