Narrador, poeta, ensayista y profesor universitario, nació en Santiago, el 26 de septiembre de 1918. Estudió en el Instituto Nacional, se tituló de profesor de castellano y filosofía en el Instituto Pedagógico de la Universidad de Chile y se doctoró en la Universidad de California. Desde 1945 ha sido catedrático en Berkeley y luego director del Departamento de Español y Portugués en Stanford. En 1971 fue designado consejero cultural de la Embajada de Chile en Estados Unidos. Posteriormente, en 1974, fundó junto al escritor David Valjalo, la revista Literatura Chilena en el Exilio.

Considerado representante de la Generación de 1938, su narrativa está integrada por personajes históricos nacionales: Lautaro, Luis Emilio Recabarren y Salvador Allende. Junto a ellos, héroes anónimos y populares: boxeadores, hípicos, corredores, que circulan en barrios, plazas, hipódromos, canchas de fútbol y clubes de box.

Una de sus novelas más conocidas, Caballo de copas, fue elogiada por Alone, quien dijo de ella: "...se hace leer con pasión y que no puede dejarse", a pesar de que sus personajes se desenvuelven en ambientes en los que dominan "el asco, la mugre, la fetidez, la grosería y el horror". Es un largo raconto sobre un chileno que vive en California, desempeñando diversos oficios en muelles, bares, prostíbulos y hoteluchos. En sociedad con el jinete Hidalgo, compran al caballo "González", con el cual viven la aventura central de la novela. Otra importante novela de Alegría es La maratón del Palomo. De su obra poética destaca ¡Viva Chile M...! publicación que fue acompañada de un disco en donde el actor Roberto Parada recitaba cuatro de los poemas del libro: "¡Viva Chile M!...", "La Olla del Pobre", "Población Callampa" y "Entre ponerle y no ponerle". En 1979 se publicó en México Instrucciones para desnudar a la raza humana. Antología poética, que reúne textos poéticos de distintas obras y épocas.

Obtuvo el Premio Municipal por La poesía chilena. Orígenes y desarrollo del siglo XVI al XIX (1954), el Premio Municipal de Literatura (1957), Premio de la Unión Panamericana (1957), Premio Atenea por Caballo de Copas (1958) y Premio Municipal por Caballo de copas (1958). También destaca su libro Literatura y Revolución.

Juan Armando Epple ha escrito varios ensayos sobre la producción literaria de Fernando Alegría y ha publicado antologías críticas acerca de su obra.

Falleció a los 87 años de edad el sábado 29 de octubre de 2005, a las 9:20 pm, en la ciudad de Walnut Creek, al norte de California.